I kommunen har vi 7 Natura 2000 områder (internationale naturbeskyttelsesområder). Flere af dem er sårbare overfor næringstilførsel fra luften mens andre er sårbare overfor tilledninger af stoffer med vandet. Størstedelen af kommunens areal afvander til Limfjorden.
I kommunen er der 47 vandværker, hvis indvindingsområder til drikkevand er sårbare overfor forurening af jord og grundvand fra virksomheder og landbrug. Naturstyrelsen har endvidere udpeget 6 OSD områder (områder med særlige drikkevandsinteresser) i Jammerbugt Kommune. Kommunen har 4 renseanlæg beliggende i Pandrup, Attrup, Gjøl og Fjerritslev, der renser spildevandet fra de offentlige spildevandsledninger inden det ledes til Limfjorden.