Grundvandets kemiske sammensætning er et resultat af alle de påvirkninger, som vandet har været udsat for på vejen fra terrænoverfladen ned til grundvandsmagasinet og boringsindtaget.
Nitrat
Nitrat er flere steder i modelområdet en udfordring i forbindelse med vandkvaliteten. Nitrat i grundvandet betyder, at grundvandsmagasinet er sårbart over for påvirkninger fra overfladen, og dermed også er sårbart over for andre stoffer som fx miljøfremmede stoffer. I store dele af modelområdet er der ikke påvist nitrat i grundvandet – særligt i hele den nord- og vestlige del af området og uden for de større byer. Grænseværdien for drikkevand (50 mg/l) er overskredet flere steder, primært omkring byerne Kås, Pandrup og Brovst. Overskridelserne findes i både sand- og kalkmagasinet. Nitrat udgør et problem for drikkevandskvaliteten for flere af områdets vandværker.
Klorid
Hvis der er salt i nærheden af grundvandsmagasinet, vil det ofte også være i grundvandet, da klorid kun i ringe grad bindes i jorden. Da modelområdet ligger langs med kysten, må der forventes et forhøjet kloridindhold i grundvandet, enten som følge af optrængende saltvand eller en forøget koncentration af salt i nedbøren nær kysten. Kloridindholdet er forhøjet (> 75 mg/l) i omkring 50 boringer i modelområdet, særligt omkring Brovst og ved Skerping. Grænseværdien for klorid i drikkevand er 250 mg/l.
Øvrige naturlige stoffer
Grænseværdien for NVOC (4 mg/l) er overskredet i enkelte boringer i modelområdet. Boringerne ligger i området ved Pandrup og en enkelt boring ligger ved Skerping. NVOC i grundvandet kan skyldes nedbrydningsrester fra plantemateriale indlejret i gamle jordlag. NVOC kan også tilføres ved vandets passage gennem humusrige jordlag.
Grænseværdien for arsen i drikkevand (5 µg/l) overskrides i enkelte boringer i modelområdet. Disse boringer er alle filtersat i skrivekridt eller ukendt magasin. Det er sandsynligt, at overskridelserne skyldes frigivelse fra prækvartære aflejringer.
Pesticider
Inden for modelområdet er der fundet pesticider i ca. 21 % af de boringer, som er analyseret for pesticider. Det svarer stort set til fundprocenten på landsplan. Der er overskridelser af grænseværdien i både sand- og kalkboringer. Der er primært fundet BAM i boringerne, men også andre pesticider og nedbrydningsprodukter.